諧波失真也是衡量測量信號保真度的一個重要指標。對于示波器來說，為了保證高的采樣率，其ADC的位數(shù)（8bit或者10bit）相對于頻譜儀里使用的14bit ADC有較大差異，其諧波失真主要來源于ADC的量化噪聲造成的信號失真，典型的是2次和3次諧波失真，通常3次諧波的能量更大，這點和頻譜儀里由于混頻器造成2次諧波失真來源不太一樣。

在上面的測試結(jié)果中，其2次諧波失真約為-65dBc，比一般的頻譜儀差一些。而其3次諧波失真約為-49dBc，比起一般的頻譜儀就差遠了。因此如果用戶關(guān)心諧波失真指標，比如在放大器的非線性測試中，使用示波器并不是一個好的選擇。

不過好在諧波造成的失真通常在帶外，通過簡單的數(shù)學濾波處理很容易把諧波濾除掉。所以在有些寬帶信號解調(diào)的應用中，由于測量算法在解調(diào)過程中會加入數(shù)學濾波器，諧波失真對于最終的解調(diào)結(jié)果影響并不是很大。