政府和組織在使用RFID技術(shù)時(shí)也對它的一些缺陷而擔(dān)憂。例如，鐵道部車號的自動識別系統(tǒng)無法連接到其他系統(tǒng)。如果開放系統(tǒng)，則該系統(tǒng)將有助于促進(jìn)為整個(gè)物流業(yè)的信息化，促進(jìn)更高效的RFID技術(shù)的應(yīng)用。

由于工作在低頻和受張貼物的材質(zhì)的限制，在遇到一些磨損、水封或者磁化等干擾問題時(shí)，識別效果很容易受到影響，甚至當(dāng)批量的產(chǎn)品同時(shí)經(jīng)過API識別裝置時(shí)，也很有可能出現(xiàn)丟讀、錯(cuò)讀的情況。廣州、上海、四川雖然給生豬及豬肉刻上了電子標(biāo)簽，但對于市民來講，價(jià)格和電子標(biāo)簽閱讀的方面都存在一定問題。

香港機(jī)場管理局也由于成本過高和讀取率較低，導(dǎo)致RFID計(jì)劃并未獲得航空公司的普遍支持，測試成功尚需時(shí)日，正式運(yùn)營更是遙遙無期。香港機(jī)場管理局對RFID技術(shù)有著巨大的業(yè)務(wù)需求：隨著香港國際機(jī)場的客運(yùn)量不斷增加，正在使用中的行李輸送系統(tǒng)，其負(fù)荷量已接近飽和。要確保機(jī)場最終處理能力每年達(dá)到8700萬人次(即每天24萬人次)的目標(biāo)，有必要采取RFID技術(shù)代替。香港機(jī)場管理局RFID計(jì)劃原打算在2005年初推出。但由于未得到航空公司的普遍支持而“擱淺”。香港機(jī)場管理局認(rèn)為，造成這一結(jié)果的原因一方面在于現(xiàn)階段使用的卷標(biāo)成本太貴，香港機(jī)場管理局現(xiàn)時(shí)在處理行李運(yùn)送的條形碼卷標(biāo)，每個(gè)售價(jià)僅為15至25美分，但使用RFID的成本較前者高數(shù)倍以上，所以很難說服航空公司合作采用RFID技術(shù)。另一方面在于香港機(jī)場管理局正在測試中的系統(tǒng)，卷標(biāo)成功讀取率只有85%，效果并不理想。這在一定程度上阻礙了航空公司與之合作的積極性，香港機(jī)場管理局相關(guān)負(fù)責(zé)人表示，只有讀取率達(dá)到百分之九十七以上方能為航空公司接受。

這些問題是RFID在推廣過程中不得不面對的問題，連世界上最大的零售商美國沃爾瑪集團(tuán)也并沒有很好的調(diào)和這種矛盾，最終導(dǎo)致RFID應(yīng)用計(jì)劃放緩，而國內(nèi)的零售大腕物美集團(tuán)對RFID技術(shù)也是喊得多做得少，沒有真正應(yīng)用起來。