Bio-Rad公司于去年底推出了QX100微滴式數(shù)字PCR系統(tǒng)，市場反應(yīng)不錯。最近，Sangamo BioSciences公司的研究人員利用此系統(tǒng)產(chǎn)生了高度精確且重復(fù)的數(shù)據(jù)，離HIV功能療法的開發(fā)又近了一步。

讓我們聽聽Sangamo BioSciences資深科學(xué)家Gary Lee的評價?！癚X100系統(tǒng)讓我們能輕松、準(zhǔn)確且重復(fù)地測定基因組中的低拷貝事件。ddPCR技術(shù)帶給我們信心，這對推進(jìn)項目很關(guān)鍵?！泵绹鳶angamo BioSciences公司是鋅指核酸酶研究領(lǐng)域的先鋒。Sigma Life Science作為其獨家合作伙伴，推出了CompoZr 鋅指核酸酶平臺。

Sangamo利用專利的鋅指DNA結(jié)合蛋白(ZFP)技術(shù)來修飾CCR5基因，此基因編碼了一個重要的細(xì)胞表面共受體，被HIV利用，以便進(jìn)入和感染CD4+細(xì)胞。該公司改造了鋅指核酸酶，以便永久破壞HIV陽性患者體內(nèi)免疫細(xì)胞中的CCR5，讓這些細(xì)胞能抵抗感染，從而潛在控制病毒再次侵入患者。這種革命性的療法采用患者自身的免疫細(xì)胞來取代藥物治療。

HIV+受試者的現(xiàn)有數(shù)據(jù)表明，HIV DNA整合到宿主細(xì)胞基因組中是一個稀有事件，外周血中每1,000-100,000個CD4+ T細(xì)胞僅有一個。這種低水平的HIV DNA可維持低水平的病毒復(fù)制，特別是在淋巴組織中。因此，Sangamo研究的一個主要挑戰(zhàn)是測定受試者的HIV DNA水平，從而評估新療法的效果。盡管實時定量PCR(qPCR)是測定基因表達(dá)的高效技術(shù)，但不完美的擴(kuò)增效率和必須建立標(biāo)準(zhǔn)曲線讓qPCR無法提供精確度和靈敏度，來檢測稀有的目標(biāo)DNA。

微滴式數(shù)字PCR技術(shù)能實現(xiàn)目標(biāo)DNA和RNA分子的絕對定量，帶來比qPCR更高的靈敏度、重復(fù)性和精確度。QX100系統(tǒng)將樣品和試劑分成20,000個液滴，而目標(biāo)和背景DNA隨機(jī)分布。這種微滴化處理能降低背景干擾，實現(xiàn)復(fù)雜樣品中單拷貝靶分子的靈敏檢測。

據(jù)Lee博士介紹，在兩個獨立的低拷貝數(shù)分析中，實時定量PCR結(jié)果顯示差異為十倍，讓人難以確定數(shù)據(jù)究竟是實驗差異，還是生物學(xué)現(xiàn)實。而有了ddPCR技術(shù)，結(jié)果顯示差異為兩倍?！斑@才是我們真正信賴的數(shù)據(jù)?！?/p>

該公司目前正在開展兩個II期臨床試驗。QX100系統(tǒng)將有助于Sangamo BioSciences確定它們的療法是否有效。到目前位置，臨床數(shù)據(jù)表明經(jīng)過修飾的T細(xì)胞數(shù)量和HIV病毒載量的降低均有顯著的統(tǒng)計學(xué)意義。

Lee博士認(rèn)為：“我們能夠證明，對于稀有事件檢測，特別是在臨床研究中，QX100系統(tǒng)是首選技術(shù)?！?/p>