隨著信息技術(shù)在醫(yī)學(xué)研究中的應(yīng)用，臨床醫(yī)學(xué)、生物學(xué)、信息學(xué)又發(fā)生了一次交叉融合，形成了生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)（Biomedical Informatics）。

醫(yī)療信息系統(tǒng)面臨的最大挑戰(zhàn)是減少系統(tǒng)數(shù)據(jù)和功能的冗余，并尋求復(fù)雜業(yè)務(wù)環(huán)境下不同數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)、不同系統(tǒng)架構(gòu)的應(yīng)用系統(tǒng)的互通互聯(lián)技術(shù)，形成一個高效的、靈活的、可識別的系統(tǒng)集。一個高質(zhì)量、高水準、整合臨床數(shù)據(jù)與基礎(chǔ)研究數(shù)據(jù)的信息系統(tǒng)是轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的核心和實現(xiàn)從“實驗臺到病床”轉(zhuǎn)化的關(guān)鍵。這一信息系統(tǒng)應(yīng)包括三大部分：去除個人信息的臨床數(shù)據(jù)中心（De-Identified Clinical Data Repository， d-CDR）、組學(xué)數(shù)據(jù)庫及分析平臺、合乎科研設(shè)計要求的各種病例標本和正常對照標本資源庫。

臨床數(shù)據(jù)采集、存儲、管理和應(yīng)用相關(guān)的醫(yī)療信息技術(shù)已成為21世紀醫(yī)療衛(wèi)生服務(wù)的支撐技術(shù)。在以提高醫(yī)療服務(wù)質(zhì)量和控制醫(yī)療服務(wù)成本（或服務(wù)于臨床科學(xué)研究）為目的的醫(yī)療信息化工程中，個性化的臨床數(shù)據(jù)采集和強化的醫(yī)療工作流控制之間存在這“不可調(diào)和”的矛盾?？蒲须娮硬v通過與醫(yī)院的PACS、HIS、EMR和LIS系統(tǒng)對接，自動或半自動地填寫相關(guān)數(shù)據(jù)表單，可以大幅度提高數(shù)據(jù)的準確性和工作效率。現(xiàn)有醫(yī)療信息系統(tǒng)中依然有大量非常重要的臨床數(shù)據(jù)只存在于自由文本形式的文檔和報告中。醫(yī)學(xué)自然語言處理技術(shù)成為了生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)研究的熱點和難點。對于英文環(huán)境的醫(yī)療文本的自動處理研究在國外已開展多年，并有部分成果進入商業(yè)應(yīng)用。面向中文病歷文檔的自動處理技術(shù)的研究卻很少有報道。中文醫(yī)學(xué)語言處理技術(shù)是臨床信息化中關(guān)鍵的基礎(chǔ)技術(shù)之一。